Bezeichnung für eine potenziell Allergie-auslösende Substanz. Ein Allergen ist grundsätzlich auch ein Antigen (s.u. Antigen), das heißt eine Substanz die in der Lage ist eine Immunatwort zu induzieren. Allergene haben wie Antigene keine chemischen Gemeinsamkeiten. Die meisten Allergene sind (natürlich vorkommende) Eiweiße oder Eiweißverbindungen.
Indem das Immunsystem allergischer Patienten mit der Bildung von IgE-Antikörpern auf den Kontakt mit einem Allergenen reagiert wird dieses zum Antigen.
"Pseudoallergene" (s.u. Intoleranzreaktion) sind Stoffe, bei denen das Immunsystem nicht beteiligt ist, wohl aber Mediatoren, wie z.B. die Histamine.