Bereich eines Allergens/ Antigens, das mit den Bindungsstellen der Antikörper oder T-Zell-Rezeptoren reagiert. B-Lymphozyten sezernieren Antikörper ( Immunglobuline) mit Bindungsstellen gegen Epitope, während T-Lymphozyten heterodimäre T-Zell-Rezeptoren (ab, gd) mit Bindungsstellen gegen Epitope besitzen.
IgE-Antikörper reagieren vorzugsweise mit allergenen Bereichen, die durch ihre native räumliche Struktur bedingt werden (konformationsabhängige Epitope).
Die T-Zellen reagieren nur mit Peptidfragmenten der Allergene, die zudem noch an körpereigene MHC-Klasse-II-Moleküle gebunden sein müssen.