Transporter Classification Database

Die „Transporter Classification Database“  ist die von der International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) anerkannte Klassifizierung für Membrantransport-Proteine. Das Klassifizierungssystem wurde analog zu dem EC-Nummer-System zur Klassifizierung von Enzymen konzipiert. Fast 400 Transporterfamilien sind derzeit im Transporter Classification (TC) -System enthalten. Eine wichtige Aufgabe, der Klassifikation, ist es, entfernte phylogenetische Beziehungen zwischen Familien herzustellen und so übergeordnete Superfamilien zu schaffen.

Bei der Erstellung einer Klassifizierung von Transporterproteinen (Transporter) wäre es sinnlos gewesen, ein System einfach auf der Grundlage der Spezifität gegenüber dem zu transportierenden Substratmolekül oder Ion zu entwerfen. Da Daten zu Aminosäuresequenzen verschiedener Proteine, einschließlich Transportproteinen, über molekularbiologische Untersuchungsmethoden verfügbar werden und ständig neue Genome sequenziert werden, beruht die TC-Klassifizierung auf einer dualen Gewichtung, die einerseits die Vorteile des Enzymsystems bei der Gruppierung verschiedener Einträge beinhaltet (nach der Art der Reaktion -d.h. des Transports) und andererseits die Sequenzhomologie der beteiligten Proteine berücksichtigt. Diese Art der Klassifikation hat den Vorteil, dass in den allermeisten Fällen die phylogenetischen Beziehungen zwischen den verschiedenen Einträgen geklärt werden kann.

Beispielsweise bilden die sog. ABC-Transporter eine große Familie von Membranproteinen, die als gemeinsames Strukturelement über eine ATP-bindende Kassette (von englisch: ATP binding cassette, ABC) verfügen und in der Lag sind spezifische Substrate aktiv über eine Zellmembran transportieren.

Im Gegensatz zu Transportproteinen wurden Enzyme gemäß den Empfehlungen der Enzymkommission der International Union of Biochemistry klassifiziert. Die Enzymklassifizierung basiert ausschließlich auf der katalysierten Reaktion. Es wurde dabei angenommen, dass Proteine mit ähnlicher katalytischer Funktion verwandt sind und dass sie zusammen gruppiert werden sollten.

1. https://www.qmul.ac.uk/sbcs/iubmb/mtp/