Phylotyp

Mit Phylotyp wird eine phylogenetische Gruppe von Mikroorganismen, die derzeit durch eine Schwellenwertidentität ihrer kleinen Untereinheiten aus rRNS-Genen definiert wird (z. B. ≥ 97 % für einen Phylotyp auf der Ebene von Arten).

Taxonomisch ist ein Phylotyp (von griech. phylon=Stamm) eine beobachtete Ähnlichkeit, die verwendet wird, um eine Gruppe von Organismen mit unterscheidbarer DNA-Sequenz zu klassifizieren. Hingegen bezieht sich der Phänotyp auf Merkmale des Erscheinungsbildes. Phylotypen können taxonomisch durchaus auf unterschiedlichen Ebenen beschrieben werden (wie Spezies , Klasse ). Der Begriff Phylotyp ist rangneutral.

Die messbare (!) phylogenetische Diversität beruht wesentlich auf der Evolution der Mikroben. Mittlerweile ist klar, dass von Anbeginn der Evolution bis zum heutigen Tag, Gene durch horizontalen Gentransfer (lateraler Genaustausch) zwischen verschiedenen Prokaryoten frei ausgetauscht wurden.

So lassen sich Mikroben nicht ohne weiteres über die bisher verwendeten taxonomischen Differenzierungsmerkmale wie Morphologie (Kolonieform und -farbe, Zellform, -größe, evtl. Zellverbände, Beweglichkeit, Art der Begeißelung -Elektronenmikroskop-, Zellwandtyp - Gram-Test und/oder Elektronenmikroskop-, Zelleinschlüsse, -fortsätze, Kapseln, Sporenbildung usw.) und Physiologie (Verwertung von Substraten als C-, N- oder S-Quelle, Fähigkeit zu aerobem und anaerobem Wachstum, Analyse von Gärprodukten -Gas-, Säurebildung, chemische Analyse-, Temperaturgrenzen des Wachstums, Toleranz gegenüber Säure, Salz usw.) unterscheiden. 

Durch den paarweisen Vergleich der SSU-rRNS-Gensequenzen unterschiedlicher Mikroorganismen lässt sich ein phylogenetischer Baum erstellen, der einer Evolutionskarte entspricht und auf dem bislang unbekannten Organismen eine Position zugewiesen werden kann. Dieser Ansatz, auch molekulare Phylogenetik genannt, erlaubt die Charakterisierung jedes Organismus anhand seiner evolutionären Distanz zu anderen Organismen. Die verschiedenen phylogenetischen Typen (Phylotypen) können als Äste eines Evolutionsbaumes gesehen werden.