Primer

Begriff in der Biotechnologie für ein DNA- oder RNA- Stück das die DNA-Polymerasen benötigen um die Synthese von Mononukleotiden einleiten zu können. DNA-Polymerasen benötigen zwingend neben den Polydeoxyribonukleotiden (dNTPs) ein initiierendes Oligonukleotid (oder Polynukleotid), den sogenannten Primer, der eine Hydroxylgruppe am 3′-Ende trägt. Der Primer wird als Ausgangspunkt für das Kettenwachstum verwendet.

Ein Primer kann ein kurzes oder langes Stück DNA oder RNA sein, das eine freie 3′-OH-Gruppe trägt. Primer stellen der DNA-Polymerase eine doppelsträngige Struktur zur Verfügung, indem sie sich an eine komplementäre Region des DNA- oder RNA-Strangs, die so genannte Matrize, anlagern . Die DNA-Polymerase bewegt sich entlang der DNA- (oder RNA-) Matrize und verlängert den Primer in der Richtung 5′ → 3′ gemäß der Watson-Crick-Basenpaarungsregel, d. h. A paart sich mit T (oder U) und C mit G. Die Polarität der neu synthetisierten Kette ist entgegengesetzt (oder antiparallel) zu der des Templates. Der Einbau eines nicht komplementären Nukleotids wird als "Fehler" betrachtet. Die Fehlerhäufigkeit ist ein wichtiges Kennzeichen einer Polymerase.