Basische chromosomale Eiweißmoleküle, um die sich die DNA im Zellkern herumlegen. Dadurch wird die DNA dicht gepackt (Verpackungsform der DNA). Es entstehen Nukleosomen, die wie Perlen auf einer Kette aufgereiht sind.
Ein wichtiges Enzym, das die Verpackungseigenschaften der Histone bestimmt, ist die Topoisomerase. Zahlreiche Studien zeigen, dass die Acetylierung von Histonen mit einer Transkriptionsaktivierung und die Deacetylierung von Histonen mit einer Transkriptionsrepression korrelieren. Die gegensätzlichen Aktivitäten zweier Enzymklassen, der Histon-Acetyltransferasen (HAT) sowie der Histon-Deacetylasen (HDAC) kontrollieren das Ausmaß der Histonacetylierung. Histon-Methylierungen und Acetylierungen sind Merkmale epigenetischer Veränderungen.
Heute sind eine Reihe von Wirkstoffen verfügbar, sogenannte HDAC-Inhibitoren, die es ermöglichen in den "histone code" einzugreifen und die epigenetische Genregulation zu beeinflussen. Obwohl diese Substanzen die Expression von 2-5% aller Gene modulieren sind sie in vivo erstaunlicherweise nicht mit erheblichen Nebenwirkungen vergesellschaftet und finden u.a. bei den kutanen T-Zell-Lymphomen bereits therapeutische Verwendung (s.u. Vorinostat).