IgA-Proteasen gehören zu den defensiven Pathogenitätsfaktoren mit denen Krankheitserreger eine effektive Immunantwort des Wirts erschweren bzw. verhindern. IgA-Proteasen spalten und inaktivieren mukosale Antikörper. Dabei spalten IgA-1-Proteasen den Antikörper an der Hinge-Region (im IgG die flexible Region in der Mitte der H-Kette), sodass die Fabund Fc-Fragmente getrennt werden (S. pneumoniae, H. influenza, N. meningitidis, N. gonorrhoeae u. a.).
Die Inaktivierung durch IgA-Bindungsproteine entsteht durch deren Bindung an die Fc-Region von IgA1- und IgA-2-Antikörpern (S. pneumoniae, S. pyogenes, H. pylori). Zusätzlich gibt es noch bakterielle IgA-Glykosidasen, die Kohlenhydratgruppierungen der IgA-Antikörper deglykosylieren.