Ein IST-Genotyp bezieht sich auf die genetische Variation in der Internal Transcribed Spacer (IST)-Region der ribosomalen DNA (rDNA) eines Organismus. Die IST-Region ist ein Abschnitt in der DNA, der zwischen den ribsosomalen RNA-Genen (z.B. 18S, 5.89S, 28S) liegt. Diese Region wird häufig in der Genetik verwendet, um Arten zu identifizieren, zu vergleichen und -phylogenetische Beziehungen zu bestimmen.
IST-Genotyp
Definition
Allgemeine Information
Die IST-Region ist hochvariabel, was sie besonders nützlich für die Unterscheidung von nahe verwandten Arten macht.
Die IST-Region ist von konservativen Genen umgeben, was die Amplifikation (z.B. durch PCR-Techniken) erleichtert.
Die IST-Region wird häufig zur Identifikation von Pilzen, Pflanzen und einigen Bakterien genutzt.
Ein IST-Genotyp beschreibt die spezifische Sequenzvariation in der IST-Region eines Organismus. Durch Sequenzierungen dieser Region können durch Vergleich mit Datenbanken wie GenBank, oder UNITE Arten identifiziert werden. Durch die Identifizierung des IST-Genotyp können Populationen oder Stämme unterschieden werden.
Durch die Identifizierung des IST-Genotyp können evolutionäre Beziehungen analysiert werden. Unterschiede in der IST-Sequenz liefern Hinweise auf die phylogenetische Entwicklung.