Die Gamma-Sekretase (Gamma-Sekretasekomplex), ist eine intramembranäre Aspartylprotease, ein Protein-Schredder-Enzymkomplex und wichtiges Zielmolekül für Medikamente gegen die Alzheimererkrankung (AD). Die Gamma-Sekretase spaltet eine Reihe von Typ-1-Transmembransubstraten, von denen das Amyloid-Vorläuferprotein (APP) und Notch am besten untersucht wurden. So durchlaufen APPs eine sequentielle proteolytische Verarbeitung durch Beta-Sekretase (BACE1) und Gamma-Sekretase, um Amyloid-Beta-Peptide (Aβ) zu erzeugen. Notch, ein Protein, das sich als heterodimerer Rezeptor auf der Oberfläche signalempfangender Zellen befindet, unterliegt ebenfalls einer Reihe proteolytischer Spaltungen. Weiterhin schneidet das Enzym, soweit derzeit bekannt, annährend hundert weitere Substrate. Wie diese erkannt und ausgewählt werden ist derzeit noch unzureichend verständlich (Lleó A 2008).
Die Gamma-Sekretase bildet sich durch Proteolyse im endoplasmatischen Retikulum (ER). Das Enzym wird dann in das späte ER transportiert, wo es seine Substrate schneidet. Die Gamma-Sekretase kommt auch in Mitochondrien vor, wo sie eine unterstützende Rolle bei der Apoptose spielt.