Das erste Mal erwähnt wurden Enterokokken in der französischen Literatur 1899 als Keime, die im Gastrointestinaltrakt gefunden wurden und das Potential haben, signifikante Erkrankungen hervorzurufen (Kasper 2015).
Die erste pathologische Beschreibung findet sich im selben Jahr bei einem Patienten, der an einer Endokarditis verstarb. Die auslösenden Keime wurden als „Micrococcus zymogenes“ bezeichnet und später umbenannt in „Streptococcus faecalis“ (Kasper 2015).
„Streptococcus faecalis“ wurde im Jahre 1906 von Andrewes und Hoder als erste Spezies der Enterokokken beschrieben (Darai 2009).
1984 wurde von Schleifer und Kilpper- Bälz für E. faecalis und E. faecium der Gattungsname „Enterococcus“ vorgeschlagen (Darai 2009).