Sowohl die HLA-Gene der Klasse I als auch die HLA-Gene der Klasse II weisen einen großen allelischen Polymorphismus (polygene Genkomplexe) auf, der im Bereich der Bindungsgruben des HLA-Moleküls für Peptide besonders ausgeprägt ist. Durch den polygenen Genkomplex, gibt es mehrere Subgen-Exons, die z.B. die die verschiedenen Peptidketten der HLA-Moleküle kodieren. Das Beta2-Mikroglobulin, das die 2. Kette des HLA I-Moleküls darstellt, wird unabhängig hiervon auf dem Chromosom 15 kodiert.
Alle HLA-Gene sind hochgradig polymorph, d.h. es stehen multiple Allele zur Verfügung. Polygene und polymorphe Vielfalt bestimmen so die enorme Variabilität der HLA-Haplotypen. Diese Variabilität der HLA-Haplotypen bestimmt die höchst unterschiedliche Konfiguration der Bindungsgruben für Peptidantigene, die der HLA-Komplex erkennt, bindet und einer Immunzelle präsentiert (s.u. Antigenpräsentation).
Dies trägt gemeinsam mit der Vielfalt der T-Zell-Rezeptor (TCR)-Spezifitäten zu einer nahezu unbegrenzten Vielfältigkeit der adaptiven Immunantwort bei. Individuen haben damit eine bessere oder schlechtere Anlage bestimmte Peptide zu binden und Antigene spezifisch abzuwehren. Auch sind viele Autoimmunerkrankungen mit einem bestimmten HLA-Haplotypen assoziiert. HLA-Antigene sind aber auch für die Verträglichkeit (Histokompatibilität) oder Unverträglichkeit der Gewebe zweier Individuen ausschlaggebend was bei der Transplantationschirurgie eine entscheidende Rolle spielt.