Beispielhaft werden mit dem Ausdruck "Epigenese" alle graduellen Prozesse der embryonalen Morphogenese von Organen belegt. Diese beruhen auf epigenetischen Prozessen bei der Zellteilung der Vorläuferzellen, der Zelldifferenzierung (s.u. Mosaik, kutanes).
Zu den epigenetischen Prozessen zählt man u.a.:
- Paramutation
- Bookmarking
- Imprinting
- Gen-Silencing
- X-Inaktivierung
- Positionseffekte
- maternale Effekte
- den Prozess der Karzinogenese (s.a. Onkogenese)
- viele Effekte von teratogenen Substanzen.
Epigenetik und weitere Medikamente: Teilweise wird die Ansicht vertreten, dass zahlreiche Medikamente epigenetische Auswirkungen haben. Bekannt ist dies von best. Psychopharmaka wie Fluoxetin, auch von Morphinen. Einige dieser Genausdruck-Anpassungen sind das Resultat einer veränderten DNA-Struktur, verursacht durch Chromatin-Umformungen: epigenetischer Modifikation von Histonen und Gen-Silencing durch DNA-Methylierung auf Grund verstärkter Ausprägung versch. Methyl- bindende Proteine (z.B. MeCP2 und MBD1; MeCP2 = methyl-CP-Bindungsprotein 2) sind für die normale Funktion von reifen Nervenzellen wichtig und gehören zu einer Gruppe von Kernproteinen.
Epigenetische Fehlsteuerungen sind bedeutend für die Entstehung immunologischer (untersucht u.a. bei systemischem Lupus erythematodes, atopischem Ekzem) und versch. neurologischer Erkrankungen. Bestimmte DNA-Methylierungsmuster sind bspw. charakteristisch für Gene die Il-4- und IL-5-Rezeptoren kodieren, die für allergische Prozesse eine Rolle spielen. Unterschiede im Methylierungsmuster sind etwa bei Patienten mit atopischem Ekzem und atopischem Asthma gegenüber der nicht-atopischen Bevölkerung nachweisbar.
Grundsätzlich bedeutend (auch therapeutisch interessant) ist ihre Reversibilität und Manipulierbarkeit (z.B. bei der Immuntherapie der Erdnussallergie).