Isomaltose entsteht im menschlichen Organismus beim enzymatischen Abbau von Polysacchariden (v.a. von Stärke) durch die Amylase des Speichels und des Pankreas; weiterhin durch Säure-Hydrolyse im Magen. Isomaltose kann durch Disaccharidasen (z.B. die Isomaltase) weiter in Glucoseeinheiten aufgespalten werden. Im Vergleich zu herkömmlichen Zucker, erfolgt diese enzymatische nur sher protrahiert. Insofern steigt der Glucosespiegel im Blut nach der Aufnahme Isomalt-haltiger Produkte deutlich langsamer und schwächer an.
Bei großem Konsum Isomalt-haltiger Produkte kann ungespaltene Isomaltose in den Dickdarm gelangen. Hier wird sie von Darmbakterien unter Bildung von Gasen und freien Fettsäuren (z.B. Buttersäure) vergoren (Dehghan MH et al. 2013). Dies führt zu Reizungen der Darmschleimhaut. Weiterhin kommt es zu osmotisch bedingter Wassereinlagerung. Die Folge sind Durchfälle, Bauchschmerzen und Blähungen (vergleichbar einer Laktoseintoleranz oder Fruktoseintoleranz). Lebensmittel, in denen der Anteil an Zuckeraustauschstoffen bei mehr als 10 % liegt, tragen daher den Warnhinweis „kann bei übermäßigem Verzehr abführend wirken“.
Kontaktallergische Reaktionen sind nicht bekannt oder beschrieben.